Berdasarkan penuturan para pini sepuh yang sekarang masih hidup mengatakan bahwa nama Desa Puluhan berdasarkan peristiwa sebagai berikut: Sunan Kalijaga dalam menyebarkan Agama Islam di Wilayah pulau Jawa,pernah singgah di Wilayah kami.Bukti dari penyebaran Agama Islam didaerah kami berdiirinya Masjid Agung Puluhan yang konon sejarahnya dibangun oleh Sunan Kalijaga. Dalam proses pembangunan Masjid Agung tersebut, Sunan Kalijaga dipanggil mendadak untuk hadir Musyawarah Wali Songo di Demak. Dikarenakan pembangunan Masjid Agung tersebut belum selesai dibangun / kurang sempurna, maka Sunan Kalijaga bersabda "....Puluh puluh jadi Puluhan...." dan Atas sabda tersebut pembangunan Masjid Agung yang belum selesai/kurang sempurna menjadi selesai/sempurna.
Sejak saat itu masyarakat disekitar menyebut Desa Puluhan. Peristiwa atau ceritera di atas diperkuat adanya fakta-fakta "Berdirinya Masjid Agung Puluhan" beserta peninggalan sejarah lainya. Perlu diketahui juga bahwa pada zaman Belanda Dukuh Puluhan dijadikan pusat kegiatan ekonomi, karena di daerah itu didirikan pabrik yaitu pabrik padi. Di situ juga dibangun perumahan untuk Belanda yang disebut "Loji". Sampai sekarang bekasnya masih ada dan digunakan untuk kepentingan Desa dan Rakyat.